Kostel, stojící v Nelahozevsi již od konce 14. století, je původně gotický. Nejstarší gotickou částí je presbytář, který je od hlavní lodi oddělen tzv. vítězným obloukem, strop je zaklenut lomeným žebrováním. V presbytáři se nachází barokní oltář s vyobrazením sv. Ondřeje, gotický sanktuář (výklenek pro ukládání obřadních nádob) a dvě půvabné konzoly s lidskými obličeji jako projev umění gotického kamenosochařství. Loď prošla mnoha architektonickými úpravami, nejvýraznější úpravou prošla na konci 19. století v neogotickém slohu. Nyní je kostelu navrácen jeho
středověký charakter.
Jižní část kostela zdobí dřevěný kúr s varhanami z roku 1881 od Karla Sniffnera. Vesnické varhany mají obvykle čtyři rejstříky (čtyři řady píšťal) nebo i méně, ale v Nelahozevsi mají rejstříků šest, což zajišťuje bohatý zvuk. Varhany jsou nově po rekonstrukci, vyčištěné a naladěné.
Na stěnách jsou dva velmi zachovalé náhrobní kameny, znakový z roku 1586 patří synovi zámeckého hejtmana a figurální z roku 1613 patřící Aleně Malovcové z Bubna. Dále je v kostele dřevěná rokoková kazatelna a kamenná barokní křtitelnice z 1. poloviny 18. století, ve které byl pokřtěn také čerstvě narozený Antonín Dvořák, o čemž svědčí zápis v matriční knize.
Denní světlo proniká do chrámové lodi skrze sedm lomených oken, nyní nově osazeny vitrážemi, menší rozetou a sdruženými okny na západní zdi nad vstupním portálem. Po setmění v kostele svítí nově zrestaurovaný lustr z 18. století, tzv. „terezián“.
V areálu kostela se dříve nacházel také hřbitov, který byl zrušen při stavbě železnice a přesunut do míst dnešního hřbitova. V bezprostřední blízkosti kostela stojí dřevěná zvonice, kamenná ohradní zeď a mřížový plot. Ve zvonici se nacházely střídavě jeden až dva zvony nebo také žádný. Za světových válek se zvony uplatnily jako materiál pro vojenské účely, v 90. letech se zase vyplatilo zlodějům je ukrást. Nyní se ve zvonici
nachází jeden nový zvon vyrobený na objednávku obce.
