První písemná zmínka o kostelíku je zároveň i první zmínkou o obci a pochází z roku 1352. V roce 1469 věnoval král Jiří z Poděbrad obec svému rádci Řehořovi z Heimbruku, kterému byla později zabavena. V roce 1544 obec získal Florián Gryspek z Gryspachu, který zbořil tvrz a založil nynější zámek.
Kostel patřil neodmyslitelně ke každodennímu životu místních obyvatel. Lze vyčíst mnoho z kroniky farářů, kteří se více či méně úspěšně snažili umravňovat živelné nelahozevské obyvatele, kteří více než kostel navštěvovali místní hostince. V bezprostřední blízkosti kostela, v atmosféře hluboké křesťanské víry i hospodského veselí, se narodil a vyrůstal také Antonín Dvořák (*8. září 1841 - †1. květen 1904). Počátky jeho hudební kariéry i bohatého duchovního života se odehrávaly právě zde, v kostelíku na který viděl z okna své rodné světnice. Kostel dlouhodobě chátral, a proto se zastupitelé obce dohodli s Římskokatolickou farností Kralupy nad Vltavou a podepsali v roce 2020 darovací smlouvu. Obec v roce 2021, ihned po převodu kostela, začala pracovat na projektu obnovy areálu a na konci roku 2022 bylo vydáno stavební povolení. Ukázalo se, že stav kostela je v mnohem horším stavu, než se předpokládalo, a vyžaduje mnoho odborných zásahů.
Rekonstrukce kostela jako takového byla ukončena v červenci roku 2025.
